Szkoła Podstawowa nr 44 przy ul. Sucharskiego 10 w Gdyni powołana została 1 września 1987 roku. Jako, że budynek szkoły był w trakcie budowy, młodzież rozpoczęła naukę w sąsiednich Szkole Podstawowej nr 39 i Szkole Podstawowej nr 41.

15 lutego 1988 r. odbyło się uroczyste otwarcie nowo wybudowanej szkoły.

Pierwszym dyrektorem placówki została Pani mgr Elżbieta Klimas. Społeczność szkolną stanowiły 32 oddziały (900 uczniów) oraz 50-ciu nauczycieli. W tym okresie szkoła osiągała wysokie lokaty w konkursach przedmiotowych, artystycznych i sportowych. Na szczególną uwagę zasługiwała działalność kół tańca towarzyskiego. Szkoła wielokrotnie była organizatorem turniejów tańca o zasięgu międzynarodowym.

16 maja 1990 roku podpisano umowę o współpracy ze szkołą w Karlskronie. Organizowano wymianę grup uczniowskich, doświadczeń pedagogicznych, prezentowano dorobek artystyczny młodzieży. Mocnym argumentem tej współpracy był wspólny Koncert Przyjaźni w Teatrze Muzycznym w Gdyni oraz w karlskrońskim teatrze podczas Karnawału Wiosennego.

Z dniem 1 września 1998 roku, po przejściu na emeryturę Pani mgr Elżbiety Klimas, obowiązki dyrektora przejęła Pani mgr Ewa Górska, której przypadło w udziale organizowanie szkoły pod kątem reformy edukacji.

Dnia 1 września 1999 roku powołano Zespół Szkół nr 12, w skład którego weszły: Szkoła Podstawowa nr 44 im. Obrońców Wybrzeża w Gdyni oraz Gimnazjum nr 17.

Z dniem 1 września 2008 roku obowiązki dyrektora szkoły z rąk odchodzącej na emeryturę Pani mgr Ewy Górskiej przejął Pan mgr Andrzej Bodnar.

Z dniem 1 września 2017 roku kolejna reforma edukacji przekształciła Zespół Szkół nr 12 w Gdyni w Szkołę Podstawową nr 44 im. Obrońców Wybrzeża z oddziałami gimnazjalnymi.